そして2006年初春には「セブン」、「パークレイン」、「チェックメイト」の３タイプのスタイリングパッケージが追加され、同時にバックミラーやドアハンドルなど、インテリアデザインを中心にマイナーチェンジが行われました。
ちなみに、「セブン」は「One」の「ポップでスタイリッシュなアーバンライフを演出する」モデル、「パークレイン」は「Cooper」の「シックでエレガントかつエクスクルーシブな」モデル、そして「チェックメイト」が「Cooper S」の「クール&スポーティなエナジー」モデルと、位置づけられており、３モデルそれぞれ専用の塗装カラーと特別装備が設定されました。
2006年9月に「MINI Cooper S with JCW GP kit」という全世界2000台の限定生産モデルが日本でも発売になりました。 日本での発売台数は160台でしたが、やはり人気だったようで400万円弱という高額なモデルでしたが、現在は完売状態です。
ちなみに、このモデルはJCWというミニの有名チューナーブランドのレーシングイメージが強く押し出されたモデルですが、ノーマルのSの170psという出力から、なんと1.6Lながら218psという小型FFとしては限界ともいえる高出力を引き出したモデルになっています。
仕様についても一般モデルと大きく異なり、内装については後部座席を撤去し2座席とし、フォグライトやリアワイパーは撤去され、ヘッドライトも軽量化の為にキセノンからハロゲンに変更されています。